Bùi Minh Quốc kết hôn với Dương Thị Xuân Quý vào tháng 2 năm 1966. Hai ông bà có một người con gái tên là Bùi Dương Hương Ly. Bút danh Dương Hương Ly của ông lấy tên con gái.

Sau khi bà mất, ông tục huyền hai lần nữa và có với mỗi người vợ một đứa con[cần dẫn nguồn]. Người vợ hiện tại của ông là Nguyễn Thị Thục (Hiền Thục). Bà gốc Hà Nội, sinh ra và lớn lên tại Đà Lạt, từng 18 năm làm phóng viên, biên tập viên của Đài phát thanh – Truyền hình Lâm Đồng. Năm 1993, bà nghỉ việc, chuyển sang đan móc len, tạo ra và mở cửa hàng búp bê len[11].